Órgão de direção executiva, a Reitoria tem a incumbência de planejar, coordenar e avaliar as políticas estabelecidas para o ensino, a pesquisa, a extensão e a administração da Instituição. É composta pelo Reitor, dirigente máximo da Universidade; pela Diretoria Executiva, responsável pela gestão das atividades administrativas; pela Pró-Reitoria de Ensino, responsável pela gestão das atividades-fim de ensino, pela Pró-Reitoria de Pesquisa, Pós-graduação, Extensão e Inovação; e por quatro Vice-Reitorias de Campus, sediadas em Chapecó, São Miguel do Oeste, Videira e Xanxerê.
Também estão ligadas à Reitoria as Diretorias de Ensino e de Pesquisa, Pós-graduação, Extensão e Inovação, bem como as Coordenadorias Acadêmicas Gerais e Administrativas.